דיכוי

לפרוטוקול הארוך יש יתרון בכך שהדיכוי מבוקר וצפוי יותר ונימנע הגירוי הישיר לשחלה שמתרחש בפרוטוקול הקצר. לפרוטוקול הקצר יתרון בכך שהוא באמת קצר יותר וניתן בעזרתו לקבל גירוי חזק יותר של השחלה בתגיבה לזריקות. ניתן להתחיל את הפרוטוקול הארוך ביום הראשון או ה- 21 למחזור. מתן של התרופה ביום הראשון למחזור עלול לגרום לגירוי של השחלה והופעת סיצטות. מתן ביום ה- 21 מונע בעיה זו, אך יתכן והדיכוי ינתן כאשר האישה למעשה בהריון (לא נעים אם כי לא מזיק). הרופא בוחר בפרוטוקול העדיף עליו על פי ניסיונו ותגובת האישה לטיפולים קודמים.